La préparation du doctorat, au sein de l'école doctorale, s'effectue en règle générale en trois ans en équivalent temps plein consacré à la recherche. Dans les autres cas, la durée de préparation du doctorat peut être au plus de six ans. La durée de la formation doctorale du doctorant en situation de handicap peut être prolongée par le chef d'établissement sur demande motivée du doctorant.
Si le doctorant a bénéficié d'un congé de maternité, de paternité, d'un congé d'accueil de l'enfant ou d'adoption, d'un congé parental, d'un congé de maladie d'une durée supérieure à quatre mois consécutifs ou d'un congé d'une durée au moins égale à deux mois faisant suite à un accident de travail, la durée de la préparation du doctorat est prolongée si l'intéressé en formule la demande.
Des prolongations annuelles peuvent être accordées à titre dérogatoire par le chef d'établissement, sur proposition du directeur de thèse et après avis du comité de suivi et du directeur d'école doctorale, sur demande motivée du doctorant. La liste des bénéficiaires de ces dérogations est présentée chaque année au conseil de l'école doctorale et transmise à la commission de la recherche du conseil académique ou à l'instance qui en tient lieu dans les établissements concernés. A titre exceptionnel, sur demande motivée du doctorant, une période de césure insécable d'une durée maximale d'une année peut intervenir une seule fois, par décision du chef d'établissement où est inscrit le doctorant, après accord de l'employeur, le cas échéant, et avis du directeur de thèse et du directeur de l'école doctorale. Durant cette période, le doctorant suspend temporairement sa formation et son travail de recherche, mais peut demeurer inscrit, s'il le souhaite, au sein de son établissement. Cette période n'est pas comptabilisée dans la durée de la thèse. L'établissement garantit au doctorant qui suspend sa scolarité son inscription au sein de la formation doctorale à la fin de la période de césure.